1988 yılında başlayan ve 1994 yılında sona eren Karabağ Savaşı döneminde Sehirli Naftalan Sağlık Merkezi yaralı askerler ve sığınmacılar için hastane olarak kullanıldı.
Son 20 yıldır Azerbaycan yönetimi Sehirli Naftalan Sağlık Merkezi'nin eski günlerine geri dönmesi için çalışmalar yapıyor.