Müze koleksiyonunda Emeviler, Abbasiler, Fatimiler, Kuzey Afrika, Endülüs, Selçuklular, Beylikler ve Osmanlı Devleti'nden Cumhuriyet dönemine, birbirinden önemli 40 bin kadar eser muhafaza ediliyor.
'Kutsal Emanetler' bölümü hakkında da bilgi veren Aytar, "Kutsal emanetler, Yavuz Sultan Selim Han'ın Kahire'yi fethinden sonra İstanbul'a taşınmıştı ve Topkapı Sarayı'nda hazine dairesinde saklanmaktaydı. Osmanlı, İslamiyet'e çok önem verdiğinden, Surre Alayı ile her yıl Kabe'nin ve Medine'de Peygamber Efendimizin kabrinin örtülerini değiştirmekteydi.
Buraya her yıl yeni eşyalar göndermekteydi. Oradan gelenler de Mekke'yi, Medine'yi gördüğünden dolayı kutsal sayılmıştı. Bunlar çeşitli devlet adamlarına hediye edilmişti. Türbelerden, tekkelerden toplanmış olan bu eserlerin bir kısmı bugün müzemizin Kutsal Emanetler bölümünde sergiye açılmıştır." dedi.