- Öncelikli olarak bakteriden memeliye kadar Marmara Denizi biyoçeşitliliği tanımlanmalı ve kayıt altına alınmalı. Buradan elde edilen veriler ile tarihi veriler karşılaştırılarak türlerin yerli ve yabancı tür tespiti yapılmalı, yabancı türlerin istilacı olma potansiyelleri araştırılmalı ve tüm canlı gruplarını kapsayacak şekilde düzenli izleme çalışmaları yapılarak yeni yabancı türler hızlı şekilde tanımlanmalı.
- Deniz canlılarını ve besin zinciri nedeniyle o canlıları tüketenleri olumsuz etkileyen plastik ve mikro plastik kirliliklerin önlenmesi konusunda gerekli tedbirler alınmalı.
- Marmara Denizi'ndeki balıkçılık faaliyetlerine ek düzenlemeler getirilerek av baskısının azaltılması için insan gıdası haricinde su ürünleri istihsalinin kısıtlanmasına yönelik düzenlemeler yapılmalı.
- Marmara Denizi'nde su kalitesinin geliştirilmesine katkıda bulunmak üzere midye yetiştiriciliği için uygun yerler belirlenmeli ve kapasitesi artırılmalı.
- Nesli tehlike altında bulunan ve koruma altında olan mersin balığı, deniz alası, büyük camgöz köpek balığı, pervane balığı, yağlı balık, deniz atı, deniz çayırları, mercanlar, kırmızı yıldız, deniz süngeri, deniz kaplumbağası, yunus ve Akdeniz foku gibi türlerin yaşama ve üreme alanları iyileştirilerek güvenle korunmaları ve çoğalmaları için yapılan çalışmalar artırılmalı.